Les pneumopathies bactériennes atypiques représentent 15% à 30% des pneumopathies communautaires, et 7 à 14% de celles admises en réanimation. Cette appellation regroupe des entités cliniques très différentes. Les principaux représentants de cette entité sont Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae et Chlamydophila pneumoniae. Legionella est la plus fréquemment documentée en réanimation et est également celle dont le pronostic est le plus sombre avec une mortalité en réanimation pouvant atteindre jusqu’à 40%, chez des patients généralement comorbides ou immunodéprimés. A l’inverse, les pneumopathies à Mycoplasma pneumoniae et Chlamydophila pneumoniae sont surtout documentées chez l’enfant ou le jeune adulte. Leur pronostic est meilleur mais la mortalité en réanimation reste proche de 25%. Les macrolides et/ou les fluoroquinolones restent les antibiothérapies de choix sur ces germes.
D’autres bactéries comme Chlamydia psittacosis, Coxiella burnetii ou Burkholderia pseudomallei peuvent également être documentées en soins critiques. Bien qu’elles soient moins fréquentes, leur pronostic peut être particulièrement péjoratif et justifie une connaissance de leurs spécificités.