FilmArray dans les PAVM : encore quelques trous dans la raquette !

Question évaluée 

Quelle est la prévalence des bactéries non ciblées par le FilmArray Pneumonia+ Panel (FA-PP) dans les épisodes de pneumonies acquises sous ventilation mécanique (PAVM), et quels sont les facteurs de risque associés à leur détection ?

Type d’étude 

Étude observationnelle rétrospective multicentrique française, menée dans 12 services de réanimation en Bretagne et dans les Pays de la Loire.

Population étudiée 

Critères d’inclusion :

• Patients présentant une PAVM confirmée en culture, avec au moins une bactérie identifiée à un taux significatif en culture sur un prélèvement respiratoire profond (LBA, PDP ou brosse bronchique).

Critères d’exclusion principaux : 

• PAVM non confirmée en culture,
• PAVM documentée uniquement sur aspiration trachéale,
• PAVM non bactérienne (virale ou fongique). 

Méthode 

Une bactérie était considérée comme non ciblée par le FA-PP lorsqu’elle était identifiée en culture au diagnostic de PAVM sans appartenir aux 15 bactéries dites « typiques » du panel. Elle était jugée cliniquement pertinente si prise en compte dans l’antibiothérapie finale.

Exemple : si la culture identifie un E. coli et un staphylocoque coagulase négative (SCN), et que l’antibiothérapie associe une bêta-lactamine et du linezolide, les auteurs considèrent que le clinicien a choisi de traiter le SCN. 

Les auteurs ont comparé rétrospectivement les résultats des cultures à la liste des 15 bactéries « typiques », sans que le FA-PP ait été systématiquement réalisé — la comparaison était donc théorique. 

Chez les patients ayant reçu une antibiothérapie probabiliste inadaptée, les auteurs ont estimé si l’accès aux résultats du FA-PP aurait permis un traitement plus approprié.

La concordance entre la coloration de Gram à l’examen direct et la culture a également été analysée, en considérant une correspondance complète comme critère de concordance.

Les analyses statistiques reposaient sur des tests standards (Student, Mann-Whitney, Chi², Fisher). Une analyse multivariée avec sélection pas à pas (critère d’Akaike) a été conduite pour identifier les facteurs associés aux PAVM à bactéries non ciblées.

Résultats essentiels 

Entre janvier 2016 et mars 2021, 385 épisodes de PAVM confirmées en culture ont été inclus chez 332 patients. Au moins une bactérie non ciblée par le FA-PP était retrouvée dans 23 % des épisodes (87/385), représentant 21 % des 534 bactéries isolées en culture et prises en compte dans l’antibiothérapie finale. Après exclusion des bactéries à faible pathogénicité, la proportion de PAVM à bactérie non ciblée était de 21 %.

Les bactéries non ciblées les plus fréquemment identifiées étaient Stenotrophomonas maltophilia (21 %), Citrobacter koseri (15 %) et Hafnia alvei (12 %). Les PAVM polymicrobiennes présentaient deux fois plus de risque d’impliquer une bactérie non ciblée (47 % vs 25 %, p < 0,001). La proportion de PAVM impliquant au moins une bactérie non ciblée variait selon les centres (de 12 % à 37 %, p = 0,013).
La concordance entre la coloration de Gram réalisée pour l’examen direct et celle des bactéries finalement isolées en culture n’était que de 42%.

En analyse multivariée, l’exposition à une antibiothérapie en réanimation était associée à un risque doublé d’isoler une bactérie non ciblée (25,3 % vs 12,9 %, p = 0,042), et l’âge supérieur à 70 ans à un risque triplé (p = 0,027).

Parmi les 48 épisodes de PAVM à culture positive ayant reçu une antibiothérapie probabiliste inadaptée, les bactéries les plus fréquemment identifiées étaient Pseudomonas aeruginosa (22 %), Stenotrophomonas maltophilia (14 %) et Enterobacter cloacae (8 %). Parmi ces cas, 27 (56 %) impliquaient des bactéries théoriquement ciblées par le FA-PP, au sein desquels deux tiers auraient pu bénéficier d’une antibiothérapie probabiliste efficace si les résultats du FA-PP avaient été disponibles au moment du diagnostic.

Commentaires 

Cette étude multicentrique apporte un éclairage précieux sur les limites de couverture du panel multiplex FA-PP dans le contexte des PAVM. Près d’un quart des épisodes à culture positive impliquaient au moins une bactérie non ciblée prise en compte dans l'antibiothérapie finale, soulignant l’importance de connaître le spectre du test et les épidémiologies locales. Ce chiffre est plus élevé que celui rapporté dans d’autres études, où la proportion moyenne de bactéries non ciblées avoisinait 9 % (1,2). Dans l’étude de Berteau et al., les bactéries à faible pathogénicité (entérocoques, SCN) étaient prises en compte, alors que leur inclusion variait selon les études des méta-analyses publiées ; ce choix méthodologique peut conduire à surestimer la fréquence des pathogènes non ciblés, en particulier dans les PAVM polymicrobiennes, où une autre bactérie bien ciblée par le FA-PP peut être responsable de l’infection. Enfin, cette étude portait exclusivement sur les PAVM, tandis que la plupart des travaux évaluant les performances diagnostiques du FA-PP regroupaient l’ensemble des pneumonies, ce qui limite les comparaisons directes. 

L’identification de facteurs de risque associés — âge > 70 ans, exposition préalable aux antibiotiques en réanimation — permet de mieux cibler les situations où les résultats du FA-PP doivent être interprétés avec prudence. Cependant, ces critères, probablement liés aux PAVM tardives, restent peu discriminants dans une population de réanimation. Ces données plaident pour une approche diagnostique combinée : examen direct (bien que peu concordant avec la culture dans cette étude), mPCR et cultures conventionnelles. 

Il est également notable qu’une partie des traitements probabilistes initialement inadaptés aurait pu être ajustée plus précocement si les résultats du FA-PP avaient été disponibles. Il a été récemment montré que le FA-PP, lorsqu’il est couplé à un algorithme de décision antibiotique, permettait une antibiothérapie plus active et mieux proportionnée à 24 h comparativement à la culture standard (3). 

Points forts 

• Taille de l’échantillon permettant une estimation robuste de la prévalence des bactéries non ciblées.
• Caractère multicentrique renforçant la validité externe.
• Utilisation de définitions diagnostiques précises et consensuelles des PAVM.
• Analyse multivariée des facteurs de risque de PAVM à bactéries non ciblées, permettant d’identifier les situations cliniques à risque.
• Conception pragmatique de l’étude, intégrant une réflexion sur l’impact potentiel du FA-PP sur la stratégie d’antibiothérapie probabiliste.

Points faibles 

• Étude rétrospective, sujette à des biais de recueil et de classification.

• Prise en compte de bactéries peu pathogènes, notamment en contexte polymicrobien, pouvant surestimer le taux de bactéries non ciblées.

• Définition des bactéries responsables basée uniquement sur l’antibiothérapie finale, sans confirmation explicite dans le dossier médical.

• L’étude a regroupé, sans doute par souci de puissance statistique, toutes les bactéries non ciblées dans une même analyse. Néanmoins, leurs profils microbiologiques sont très différents, allant de germes dont la pathogénicité est discutable (entérocoques, staphylocoques coagulase négative) à d’autres fréquemment impliqués tels que les entérobactéries du groupe 3 ou S. maltophilia .

• Hypothèse implicite d’un FA-PP infaillible pour guider l’antibiothérapie probabiliste, malgré une sensibilité et une spécificité <100 %, même sur prélèvements profonds (4).

• Exclusion des PAVM diagnostiquées sur aspiration trachéale, pourtant fréquente en pratique, limitant la généralisabilité (5).

Implications et conclusions 

Cette étude met en lumière la fréquence non négligeable de PAVM à bactéries non ciblées par le FA-PP, soulignant l’importance de bien connaître ses limites, notamment en cas de PAVM polymicrobienne ou après exposition aux antibiotiques. Elle appelle à une interprétation prudente des résultats, à replacer dans une réflexion globale intégrant le contexte clinique, l’écologie locale et le profil du patient. Elle souligne aussi la nécessité d’une formation spécifique à l’utilisation de ces panels, de leur intégration dans un algorithme décisionnel pour le choix des antibiotiques et d’une collaboration étroite avec biologistes et infectiologues pour sécuriser leur interprétation. Enfin, elle interroge l’évolution de ces outils : faut-il élargir leur spectre pour intégrer les principales bactéries aujourd’hui non ciblées, ou au contraire développer des panels plus ciblés, adaptés aux différents contextes cliniques (PAVM, PAC ou exacerbations de BPCO) ? 

Références citées dans les commentaires : 

1. Moy AC, Kimmoun A, Merkling T, Berçot B, Caméléna F, Poncin T, et al. Performance evaluation of a PCR panel (FilmArray® Pneumonia Plus) for detection of respiratory bacterial pathogens in respiratory specimens: A systematic review and meta-analysis. Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine. 2023 Dec 1;42(6):101300. 

2. Dessajan J, Timsit JF. Impact of Multiplex PCR in the Therapeutic Management of Severe Bacterial Pneumonia. Antibiotics (Basel). 2024 Jan 18;13(1):95. 

3. Enne VI, Stirling S, Barber JA, High J, Russell C, Brealey D, et al. INHALE WP3, a multicentre, open-label, pragmatic randomised controlled trial assessing the impact of rapid, ICU-based, syndromic PCR, versus standard-of-care on antibiotic stewardship and clinical outcomes in hospital-acquired and ventilator-associated pneumonia. Intensive Care Med. 2025 Feb;51(2):272–86. 

4. Dessajan J, Berti V, Armand-Lefèvre L, Voiriot G, Fartoukh M, Timsit JF. Can multiplex molecular panels of microbial pathogens transform respiratory care in critically ill patients? Expert Rev Mol Diagn. 2025 Jul 10;1–19. 

5. Fernando SM, Tran A, Cheng W, Klompas M, Kyeremanteng K, Mehta S, et al. Diagnosis of ventilator-associated pneumonia in critically ill adult patients-a systematic review and meta-analysis. Intensive Care Med. 2020 Jun;46(6):1170–9. 

CONFLIT D'INTÉRÊTS

Commenté par : Julien Dessajan, Médecine Intensive – Réanimation, hôpital Bichat – Claude Bernard AP-HP Paris, France. 

Le contenu des fiches REACTU traduit la position de leurs auteurs, mais n’engage ni la CERC ni la SRLF.

Voir les déclarations de conflits d'intérêt (titre cliquable): Julien Dessajan

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